rTMS is een behandelvorm met zeer milde bijwerkingen. Dit in tegenstelling tot antidepressiva of ECT (elektroshocktherapie). De meest ernstige bijwerking van rTMS is de mogelijkheid van een epileptische aanval. De kans dat een epileptische aanval wordt opgewekt met rTMS is echter zeer klein. Er zijn slechts enkele gevallen bekend sinds het ontstaan van deze methode, en zijn er al honderdduizenden rTMS-sessies uitgevoerd. Om het risico van een epileptische aanval te minimaliseren, kunnen epilepsiepatiënten geen rTMS-behandeling starten.

Een bijwerking van rTMS die vaker voorkomt, is ongemak of pijn op de plek van stimulatie tijdens een rTMS-sessie. rTMS kan tevens leiden tot 'spanningshoofdpijn' na een rTMS sessie. Dit komt in zo'n 50% van de sessies voor. Iedere magnetische puls zorgt voor het onwillekeurig samentrekken van de spieren die over de schedel lopen. Tijdens een rTMS sessie worden meer dan 1000 pulsen met een frequentie van 1 keer per seconde gegeven. Door het herhaaldelijk samentrekken van de spieren op uw hoofd kan hoofdpijn ontstaan. Wanneer u na een rTMS-sessie last van hoofdpijn krijgt, volstaat het slikken van een pijnstiller (paracetamol) meestal.